L'altare maggiore, dedicato alla Madonna del Carmine, fu realizzato sotto il priorato del notaio Giovanni Greco dal marmoraro napoletano Michele Salemme. Gli accordi furono presi il 3 aprile 1786 e la grande macchina, costata mille ducati, fu terminata entro il 1787. Inizialmente l'altare era collocato sotto il secondo arco, immediatamente dopo la cupola, e faceva corpo unico con l'elegante cona, ospitante il quadro della Madonna. Sostituito il quadro con la statua dei Trillocco nel 1790, la cona fu modificata, verosimilmente dallo stesso Salemme, per accogliere il simulacro ligneo, quindi smontata e rimontata sul fondo dell'abside, come corpo autonomo, al di sopra del coro ligneo. Nel 1900 anche l'altare fu smontato e rimontato sul fondo, spostandosi il coro nel braccio sinistro del transetto, e la macchina tornò ad essere un unico corpo, benché la quota attuale della cona sia notevolmente più alta rispetto all'origine (il dislivello è colmato da un modesto inserto di marmo moderno). L'altare, in marmi policromi (ma spicca il «color carmelitano»), è una prestigiosa creazione del secondo Settecento napoletano: tra i deliziosi ornati spiccano i quattro grandi putti in marmo di Carrara, i due capoaltari e gli altrettanti reggicorona, sculture di altissima qualità e di chiaro ambito sanmartiniano.